FishBase Data Schema (Species)
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(rule written for AI coding agents, when working with FishBase or SeaLifeBase species data schema, or using fishbase-species.r script).
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Ce document détaille les colonnes présentes dans les exports de données FishBase (JSON, Parquet, CSV) générés par le script fishbase-species.r. Ces informations permettent à un agent IA de comprendre et de requêter efficacement les attributs des espèces.
Toutes les colonnes d'images sont présentes dans tous les formats (JSON, Parquet, CSV).
Data Schema (Species)
| Colonne |
Type |
Description |
Exemple |
SpecCode |
Integer |
Identifiant unique de l'espèce dans FishBase. |
24523 |
ScientificName |
String |
Nom scientifique complet (Genre + Espèce). |
Aborichthys kempi |
Genus |
String |
Genre taxonomique. |
Aborichthys |
Species |
String |
Épithète spécifique. |
kempi |
Family |
String |
Famille taxonomique. |
Nemacheilidae |
Order |
String |
Ordre taxonomique. |
Cypriniformes |
Author |
String |
Auteur et date de la description originale. |
Chaudhuri, 1913 |
FBname |
String |
Nom commun principal utilisé dans FishBase. |
Common carp |
Habitat et Biologie
| Colonne |
Type |
Description |
Exemple |
Fresh |
Boolean |
Présence en eau douce (-1: oui, 0: non). |
1 |
Brack |
Boolean |
Présence en eau saumâtre (-1: oui, 0: non). |
0 |
Saltwater |
Boolean |
Présence en eau salée (-1: oui, 0: non). |
0 |
DemersPelag |
String |
Position dans la colonne d'eau (habitat). |
demersal, pelagic-neritic |
DepthRangeShallow |
Integer |
Profondeur minimale (mètres). |
0 |
DepthRangeDeep |
Integer |
Profondeur maximale (mètres). |
200 |
AirBreathing |
String |
Capacité de respiration aérienne. |
WaterAssumed |
Vulnerability |
Float |
Indice de vulnérabilité (0-100). |
10.0 |
Morphologie et Taille
| Colonne |
Type |
Description |
Exemple |
Length |
Float |
Longueur maximale du mâle enregistrée (cm). |
8.1 |
LTypeMaxM |
String |
Type de mesure pour la longueur maximale mâle (ex: SL, TL, FL). |
SL |
LengthFemale |
Float |
Longueur maximale de la femelle enregistrée (cm). |
7.5 |
LTypeMaxF |
String |
Type de mesure pour la longueur maximale femelle. |
TL |
CommonLength |
Float |
Longueur commune (cm). |
5.5 |
CommonLengthF |
Float |
Longueur commune de la femelle (cm). |
5.0 |
Weight |
Float |
Poids maximal enregistré (g). |
1500.0 |
WeightFemale |
Float |
Poids maximal de la femelle enregistré (g). |
1200.0 |
BodyShapeI |
String |
Forme générale du corps. |
elongated |
LTypeComM |
String |
Type de mesure pour la longueur commune mâle. |
TL |
LTypeComF |
String |
Type de mesure pour la longueur commune femelle. |
TL |
Types de mesure de longueur (LTypeMaxM/F)
| Code |
Nom Complet |
Description |
| TL |
Total Length |
Longueur totale (de la pointe du museau à l'extrémité de la nageoire caudale). |
| SL |
Standard Length |
Longueur standard (de la pointe du museau à la base de la nageoire caudale). |
| FL |
Fork Length |
Longueur à la fourche (de la pointe du museau au creux de la fourche caudale). |
| DL |
Disk Length |
Longueur du disque (utilisé pour les raies). |
| WD |
Width of Disc |
Largeur du disque (utilisé pour les raies). |
| OT |
Other |
Autre type de mesure non standard. |
| NG |
Not Given |
Type de mesure non spécifié. |
Importance et Utilisation
| Colonne |
Type |
Description |
Exemple |
Importance |
String |
Importance commerciale ou pour la pêche. |
of no interest, commercial |
PriceCateg |
String |
Catégorie de prix. |
unknown, very high |
Aquarium |
String |
Utilisation en aquariophilie. |
never/rarely, commercial |
Dangerous |
String |
Dangerosité pour l'homme. |
harmless, poisonous |
GameFish |
Integer |
Intérêt pour la pêche sportive (-1: oui, 0: non). |
0 |
II |
String |
Indice d'importance pour les pêcheries (Importance Index). |
of no interest |
TS |
String |
Identifiant de l'expert ayant vérifié le synopsis complet. |
1 |
MSeines |
Boolean |
Capturé principalement à la senne (-1: oui, 0: non). |
-1 |
MGillnets |
Boolean |
Capturé principalement au filet maillant (-1: oui, 0: non). |
0 |
MCastnets |
Boolean |
Capturé principalement à l'épervier (-1: oui, 0: non). |
0 |
MTraps |
Boolean |
Capturé principalement au piège/casier (-1: oui, 0: non). |
0 |
MSpears |
Boolean |
Capturé principalement à la lance/harpon (-1: oui, 0: non). |
0 |
MTrawls |
Boolean |
Capturé principalement au chalut (-1: oui, 0: non). |
-1 |
MDredges |
Boolean |
Capturé principalement à la drague (-1: oui, 0: non). |
0 |
MLiftnets |
Boolean |
Capturé principalement au filet soulevé (-1: oui, 0: non). |
0 |
MHooksLines |
Boolean |
Capturé principalement à l'hameçon/ligne (-1: oui, 0: non). |
-1 |
MOther |
Boolean |
Autre méthode de capture principale (-1: oui, 0: non). |
0 |
UsedforAquaculture |
String |
Utilisation en aquaculture. |
never/rarely |
UsedasBait |
String |
Utilisation comme appât. |
never/rarely |
| Colonne |
Type |
Description |
Exemple |
PicPreferredName |
String |
Image principale (URL relative sans le préfixe FishBase). |
Abkem_u1.jpg |
PicPreferredURL |
String |
URL complète de l'image principale. (champ calculé, absent dans le fichier parquet) |
https://www.fishbase.se/images/species/Abkem_u1.jpg |
PicPreferredNameM |
String |
Image du mâle. |
Abkem_u0.jpg |
PicPreferredNameF |
String |
Image de la femelle. |
Abkem_f0.jpg |
PicPreferredNameJ |
String |
Image du juvénile. |
Abkem_j0.jpg |
Comments |
String |
Remarques générales sur l'écologie ou le comportement. |
Occurs in streams with pebbly bottom... |
DateEntered |
Date/String |
Date d'entrée dans la base de données. |
1996-07-18 00:00:00 |
DateModified |
Date/String |
Date de dernière modification. |
2013-07-18 00:00:00 |
SeaLifeBase (Spécificités)
SeaLifeBase utilise le même schéma de données que FishBase, mais inclut des colonnes additionnelles pour la traçabilité taxonomique (Species 2000) et des références externes (ASFA).
Colonnes spécifiques à SeaLifeBase
| Colonne |
Type |
Description |
Exemple |
ASFA |
Integer |
Identifiant Aquatic Sciences and Fisheries Abstracts. |
12345 |
Synopsis |
Integer |
Identifiant interne du synopsis associé. |
987 |
DateSynopsis |
Date |
Date de création ou révision du synopsis. |
2010-05-12 |
Flag |
String |
Indicateur/Drapeau de statut de la donnée. |
verified |
VancouverAquarium |
String |
Présence ou lien avec l'Aquarium de Vancouver. |
Present |
Sp2000_NameCode |
String |
Code de nom unique dans Species 2000. |
ABC-123 |
Sp2000_HierarchyCode |
String |
Code hiérarchique taxonomique Species 2000. |
H-001 |
Sp2000_AuthorRefNumber |
String |
Référence de l'auteur dans Species 2000. |
AR-45 |
E_Append |
String |
Informations additionnelles (Appendices). |
Notes... |
E_DateAppend |
Date |
Date d'ajout des informations additionnelles. |
2024-01-01 |
- Base URL :
https://sealifebase.org/Photos/jpg/
- Les colonnes
PicPreferredName* sont identiques à FishBase, mais pointent vers le serveur SeaLifeBase.
Notes Techniques
- Les valeurs booléennes dans FishBase sont souvent représentées par
-1 (vrai) et 0 (faux).
- Le script
fishbase-species.r effectue un enrichissement taxonomique via load_taxa() pour garantir que Family, Order et ScientificName sont renseignés même si la table species() initiale est incomplète.